Біофізична хімія Том 3, Кантор Ч, Шіммел П, 1985 рік, безкоштовно книгу скачати


Автор (и): Кантор Ч., Шіммел П. Формат файлу: DJVU, 536 стор, 1985 р.
Опис:

У тритомній виданні, написаному вченими США, на найсучаснішому рівні викладені основні уявлення про біологічних макромолекулах і методах дослідження їх структури і функцій. У третьому томі наведені матеріали з термодинаміки і кінетики взаємодії біополімерів один з одним і з низькомолекулярними лігандами, основам ферментативного каталізу, регуляції біологічної активності біополімерів, конформаційних перетворень нуклеїнових кислот і білків, а також по динаміці мембранних структур. Книга написана ясно і чітко, на дуже високому науковому рівні.
Призначена для біофізиків, біохіміків, молекулярних біологів, фізиків, хіміків, для викладачів, аспірантів і студентів біологічних спеціальностей.

Зміст:

ТОМ 3. ПОВЕДІНКА біологічних макромолекул


Глава 15. Взаємодія макромолекул з лігандами в умовах рівноваги

15.1. Важливість взаємодії макромолекул з лігандами
15.2. Рівноважний зв'язування лігандів з макромолекулами
Макроскопічні і мікроскопічні константи
15.3. Ідентичні і незалежні центри зв'язування
Розрахунок числа мікроскопічних форм
Розрахунок величини v
Простий висновок
Графік Скетчарда
15.4. Кілька типів незалежних центрів зв'язування
Нелінійні графіки Скетчарда
Аналіз графіка Скетчарда, що складається з двох ділянок
15.5. Взаємодія між центрами зв'язування
Деякі загальні міркування
Поширеність кооперативних взаємодій
Статистичні ефекти та енергія взаємодії
Напівемпіричний підхід: коефіцієнт Хілла
15.6. Зв'язування двох різних лігандів: рівняння, що описують взаємний вплив лігандів на їх зв'язування
Формальна математична трактування
Два ліганда і основне співвідношення, що описує їх взаємозалежні зв'язування
Інша рівняння, що описує взаємозалежні зв'язування лігандів
Додаткове рівняння
15.7. Енергетичні аспекти взаємозалежного зв'язування лігандів
Вільна енергія взаємодії
Вплив енергії взаємодії на розподіл пов'язаних лігандів
Величини вільної енергії взаємодії, виявлені в біологічних системах
15.8. Взаємодія великих лігандів з кристалоподібний структурами
Однорідна кристалічна решітка: статистичні особливості
Розрахунок характеристик зв'язування лігандів
Нелінійні графіки Скетчарда як наслідок статистичних ефектів
Деякі результати, отримані на реальних системах
Грати обмеженої довжини і кінцеві ефекти
Взаємодія між лігандами
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 16. Кінетика взаємодії лігандів з макромолекулами

16.1. Дослідження кінетики біохімічних процесів
16.2. Мономолекулярні реакції
Одностадійного реакції
Дві послідовні реакції
Ряд послідовних реакцій
16.3. Прості бімолекулярні реакції
16.4. Простий механізм Міхаеліса - Ментен
Рішення рівняння швидкості для окремого випадку
Умови застосування принципу стаціонарності
16.5. Численні проміжні форми ферменту
16.6. Стаціонарна кінетика
Механізм реакції з одним субстратом, одним продуктом і одній проміжною формою ферменту
Визначення стаціонарних параметрів ферментативних реакцій з експериментальних даних
Більш загальне рішення: співвідношення Холдейна
Зв'язок між константами Міхаеліса і константами рівноваги
Рівняння стаціонарної швидкості в разі механізму з декількома проміжними формами ферменту
Нижні межі для констант швидкості
Число оборотів
Вплив рН на швидкість ферментативних реакцій
Інтерпретація рН-залежностей
Визначення констант іонізації
Обмеження стаціонарної кінетики
16.7. Релаксаційна спектрометрія
Термодинамічні основи релаксації
Кінетика релаксації
Лінеаризовані рівняння швидкості для двостадійного механізму ферментативних реакцій
Упрошенную вираз для часів релаксації в разі двостадійного механізму
Інший висновок рівнянь для часів релаксації в разі двостадійного механізму
Набір часів релаксації в разі механізму з п проміжними формами ферменту
Деякі висновки з досліджень кінетики швидких реакцій
16.8. Рибонуклеаза як приклад ферментативної системи
Висновок про освіту проміжних сполук в ході каталізу на підставі кінетичних досліджень
Метод хімічної модифікації
Вплив субтілізін на рибонуклеазу
Активні димери рибонуклеази
Чотири залишку гістидину, ідентифіковані методом ЯМР
Структура рибонуклеази за даними рентгеноструктурного аналізу
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 17. Регуляція біологічної активності

17.1. Біологічна регуляція
Інгібування за типом зворотного зв'язку
Метаболізм піримідину і аспартат-карбамоілтрансфераза
Аллостерічеськіє білки
17.2. Деякі особливості та властивості аллостеріческіх ферментів
Сігмоідную криві
Вплив аллостеріческого інгібітора
Вплив конкурентного інгібітору
17.3. Модель Моно - Ваймен - Шанже (МУШ) для аллостеріческіх ферментів
Чотири основні допущення
Гомотропние і гетеротропние взаємодії
Алгебраїчне Опис:моделі МУШ
Властивості yF: вплив параметрів L і c
Порівняння параметрів R і yF
Вплив аллостеріческіх активаторів та інгібіторів
17.4. Експериментальна перевірка моделі МУШ
Пояснення деяких даних по взаємодії лігандів
Співвідношення між конформаційними змінами і відносним насиченням
17.5. Альтернативні моделі для аллостеріческіх білків
Послідовна модель
Більш загальна схема
17.6. Гемоглобін
Кооперативне зв'язування кисню
Аналіз рівноваги зв'язування кисню: схема Едера
Оцінки мікроскопічних констант зв'язування кисню
Концентрації проміжних форм гемоглобіну в процесі оксигенації
Константа Хілла і енергія взаємодії гем-гем
Ефект Бора
Оцінка значень рК для залежних від кисню процесів іонізації
Вплив органічних фосфатів на криву оксигенації
17.7. Взаємодія двоокису вуглецю з гемоглобіном
17.8. Зв'язок між структурою і механізмом функціонування гемоглобіну
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 18. Конфігураційна статистика полімерних ланцюгів

18.1. Усереднення по конформації
18.2. Визначення параметрів, що залежать від конформації
Відстань між кінцями ланцюга і радіус інерції
Середні розміри ланцюга в невозмущенном стані
18.3. Вільно-зчленована ланцюг
Аналогія між вільно-зчленованою ланцюгом і траєкторією дифундують молекул газу
Характеристичне відношення
Розподіл відстаней між кінцями ланцюга
Два види функції розподілу
Гауссова функція розподілу і реальні ланцюга
18.4. Ланцюг з вільним обертанням
Обчислення 0
Поведінка характеристичного відносини
18.5. Реальні ланцюга і поворотно-ізомерних модель
18.6. Обчислення внутріцепочечних відстаней в поліпептид
Обчислення 0 в моделі віртуальних зв'язків
Система координат для кожного зв'язку
Перетворення матриц
Твір усереднених матриць перетворення
Підсумовування твори матриць
18.7. Знаходження матриці перетворення координат
Перетворення між системами координат для віртуальних зв'язків
Усереднення матриці перетворення для гліцину і L-аланіну
18.8. Результати конформаційних розрахунків параметрів поліпептидів
Диполь-дипольна взаємодія між амідних групами
Різниця між полімерами, що складаються із залишків гліцину, L-аланіну і L-проліну
Порівняння розрахункових і експериментальних даних
Сополімери поліпептидів
18.9. Статистичний сегмент
Зв'язок між статистичними сегментом і реальними зв'язками
Розміри статистичних сегментів для реальних ланцюгів
18.10. Персистентная довжина
18.11. Ефект виключеного об'єму та незбурений стан
Якісний розгляд впливу ефекту виключеного об'єму на розміри ланцюга
Тета-розчинники і тета-температура
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 19. Основи гідродинаміки полімерного ланцюга та розміри молекули полімеру

19.1. Гідродинаміка полімерного ланцюга
19.2. Вільно-протікає клубок
Обертальний рух клубків в ламінарному потоці
Кутова швидкість обертання полімерної молекули в градієнті швидкості
Характеристична в'язкість вільно-протікає клубка
Недоліки вільно-яка протікає моделі
19.3. Характеристична в'язкість клубків, для яких умова вільного протікання не виконується
19.4. Коефіцієнт тертя і коефіцієнт седиментації
Коефіцієнт тертя і характеристична в'язкість
Коефіцієнт Манделькерна - Флорі - Шерагі
19.5. Аналіз конформації одноланцюгових полінуклеотидів
19.6. Конформація ДНК
19.7. Модель для випадку твердих ланцюгів: ланцюг Порода - коротко
Модель Порода - коротко
Зв'язок між довжиною і розмірами червоподібної ланцюга
Додаток моделі Порода - коротко до ДНК
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 20. Конформационное рівновагу в поліпептиди і білки: перехід спіраль - клубок

20.1. Конформаційна стабільність і конформаційні зміни
20.2. Перехід спіраль - клубок: ранні дослідження
20.3. Молекулярний механізм переходу
20.4. Просте термодинамічне розгляд переходу
20.5. Використання статистичних сум для аналізу конформационного рівноваги простих лінійних ланцюгів
Статистичні ваги
Правила побудови статистичної суми
20.6. Модель типу «застібка-блискавка» для переходу спіраль - клубок
Вибір статистичних ваг
Побудова і розрахунок статистичної суми
Ступінь спіральності і ймовірності
20.7. Матричний метод знаходження статистичної суми
Знаходження матриці статистичних ваг
Розрахунок статистичної суми за допомогою матриці статистичних ваг
Приведення матриці статистичних ваг до діагонального вигляду
Розрахунки параметрів за допомогою статистичної суми
20.8. Опис:переходу спіраль - клубок
20.9. Порівняння з експериментальними даними
20.10. Параметри, що характеризують здатність амінокислот вбудовуватися в спіраль
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 21. Конформационное рівновагу в поліпептиди і білки: оборотне згортання білків

21.1. Конформаційні переходи в білках
21.2. Температурний діапазон, в якому відбувається рівноважний згортання - розгортання
21.3. Знаходження термодинамічних параметрів: проста модель двох станів
Застосування моделі двох станів до рибонуклеази
Передбачення «холодної» денатурації
21.4. Пошуки проміжних станів: рівноважні дослідження
Часткова денатурація і зміна фізичних властивостей
Калориметрический тест на існування проміжних станів
21.5. Кінетичні дослідження процесу згортання білків
Кінетика в разі моделі двох станів
Кінетика в разі моделі трьох станів
Використання амплітудних параметрів для розмежування механізмів
21.6. Репортерські групи (зонди)
Дослідження рибонуклеази за допомогою репортерських груп
21.7. Інтерпретація двофазних кінетичних кривих ренатурації
21.8. Дослідження методом ЯМР
ЯМР лізоциму в області переходу
ЯМР гистидинового залишків рибонуклеази при рН 1,3
21.9. Стан досліджень щодо згортання білкових молекул
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 22. Структурні переходи в нуклеїнових кислотах

22.1. Дослідження нуклеїнових кислот
Порівняння з дослідженнями білків
22.2. Структура і стабільність одноланцюгових нуклеїнових кислот
Доказ впорядкованості структур гомополінуклеотідов
Вплив солі на локальну структуру одиночних ланцюгів
Вплив температури на властивості гомополімерів
Спіралі з одноланцюгових стекінгом
Олігонуклеотиди як модель одноланцюгових полінуклеотидів
Порівняння оптичних властивостей оліго-і полінуклеотидів
Дослідження структур з межплоскостним взаємодією методом ЯMP
Дослідження рибо-і дезокси-дімеровметодом ЯМР
Конформационное рівновагу в динуклеотид
Стекінг-рівновага як функція довжини ланцюга
22.3. Рівновага між одно-і дволанцюжкової структурами
Синтетичні дволанцюжкові полінуклеотіди як модельні системи
Визначення стехіометрії комплексів по кривій змішування
Доказ утворення двох-і трехцепочечних структур за допомогою кривих змішування
Стійкість гомополімерних комплексів до підвищення температури
Фазові діаграми для конформаційних станів полінуклеотидів
Температура плавлення та стабільність
Вплив рН на структуру полінуклеотидів
Гідродинамічні дослідження плавлення подвійної спіралі
Залежність властивостей дволанцюжкової ДНК від нуклеотидного складу
Вплив нуклеотидного складу на температуру плавлення ДНК і її плавуча щільність
Вплив послідовності підстав на властивості подвійної спіралі
Вплив іонної сили на термостабільність подвійної спіралі
Термодинаміка лінійних поліелектролітів
Вплив іонної сили на плавлення полінуклеотидів
Застосування теорії поліелектролітів
Форма кривих плавлення природних ДНК
22.4. Флуктуації і зміни структури подвійної спіралі
Швидкість тритієвої обміну експонованих протонів
Тритієвої обмін в підставах дволанцюжкових нуклеїнових кислот
Динаміка подвійної спіралі ДНК
Пряме вивчення обміну окремих протонів
Зміна типу вторинної структури
Предплавленіе ДНК
Компактні форми ДНК
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 23. Статистична механіка і кінетика взаємодій в нуклеїнових кислотах

23.1. Статистична термодинаміка освіти подвійної спіралі
Дослідження коротких олігонуклеотидних подвійних спіралей методом ЯМР
Дослідження більш довгих олігонуклеотидних подвійних спіралей оптичними методами
Моделі утворення між молекулярного комплексу
Аналіз експериментальних даних: саме комплементарні олігомери
Аналіз експериментальних даних: освіта комплементарних комплексів і шпильок
Розрахунок вільної енергії окремих взаємодій в спіралі
Визначення ентальпії взаємодії в олігонуклеотидів
Нуклеація спіралі; освіту петель і шпильок
Обчислення ентропії нуклеації для великих петель
Передбачення структури РНК
23.2. Кінетика конформаційних змін
Стекінг-взаємодії окремих підставі
Парування ізольованих підстав
Освіта олігонуклеотидних комплексів: експериментальні дані
Аналіз кінетики спаровування підстав в олігонуклеотидів
Освіта шпильок
Плавлення ДНК
Плавлення ДНК до поділу ланцюгів
Вплив тертя на плавлення ДНК
Ренатурації комплементарних ланцюгів
Розмір геному і повторювані послідовності
Сенс константи швидкості ренатурації
Методи розділення
Застосування кінетичного аналізу ренатурації
Міграція точок розгалуження
23.3. Зв'язування нуклеїнових кислот з молекулами меншого розміру
Експериментальна реєстрація зв'язування лігандів
Опис:взаємодії між сусідніми місцями зв'язування або сусідніми лігандами статистичними методами
Матричний метод обчислення статистичної суми
Обчислення кривих зв'язування
Модель з виключенням місць зв'язування при інтеркаляііі
Кристали комплексів олігонуклеотидів з етидієм
Комплекс між актиноміцин D і дезоксигуанозина
Дослідження комплексів олігонуклеотидів з інтеркаліруюшімі лігандами в розчині
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 24. Третинна структура нуклеїнових кислот

24.1. Кільцева ДНК
Лінійна і кільцева форми ДНК фага X
Топологічні ограніченіяв кільцевої замкнутої дволанцюжкової ДНК
Сверхспіралізація в кільцевих замкнутих двухцепочечіих молекулах
Спостереження сверхспіралізаціі на досвіді
Зв'язування з барвниками як спосіб визначення числа сверхвітков
Енергія сверхспіралізаціі
Визначення ступеня зв'язування барвника за величиною зсуву плавучої щільності
Визначення числа сверхвітков
Топоізомерази
24.2. Третинна структура РНК
Докази існування третинної структури у тРНК в розчині
Вимірювання частки спарених підстав в тРНК в розчині
Встановлення відповідності між лініями в спектрах ЯMP тРНК і конкретними парами підстав
Третинна структура тРНК і спектри ЯМР
Повільно протікає тритієво-водневий обмін
Освіта комплексів з олігонуклеотиди
Результати, отримані при вивченні зв'язування олігонуклеотидів з тРНК
Освіта зшивок і міграція енергії
Діаграма станів для конформацій тРНК
Кінетичні дослідження конформаційних змін в тРНК
Використання методу ЯМР для встановлення відповідності між спостережуваними релаксаційними процесами і структурними дільницями в тРНК
Різні стадії плавлення тРНК
Вторинна і третинна структури великих РНК
Короткі висновки
Завдання
Література


Глава 25. Введення в теорію встановлення рівноваги по різні боки мембран; Структура подвійних шарів

25.1. Мембранні системи
25.2. Встановлення рівноваги по різні сторони мембрани
Загальні міркування
Трансмембранне осмотичний тиск
Використання осмотичного тиску для визначення молекулярної маси
Ефект Доннана
Трансмембранная різниця рН
Поляризація мембрани і мембранний потенціал
Встановлення рівноваги по різні сторони мембрани і перенесення речовин через біологічні мембрани
25.3. Міцели
Освіта міцел
Вміст міцел
Принцип протидіючих сил та освіта міцел
Форма і величина міцел
Відношення площі поверхні міцели до числа головок
Освіта бішару
25.4. Структура та функції подвійних шарів
Дані рентгеноструктурного аналізу
Вплив холестерину на впорядкування ланцюгів
Дані ЕПР
Вивчення за допомогою ЕПР переміщень фосфоліпідних молекул між поверхнями бішару
Використання спектру ЕПР для вивчення латеральної дифузії в мембранах
Перехід порядок - безлад в фосфоліпідних бішару
Вигинання аліфатичних ланцюгів всередині бішару
Проникнення води під поверхню бішару
Спектри протонного магнітного резонансу і спектри ЯМР на ядрах 13С
Відмінності у відносній рухливості окремих ділянок ліпідних молекул в Біслі
Мікросередовище всередині бішару
Деякі загальні міркування щодо структури бішару
Короткі висновки
Завдання
Література


Додаток А. Основи матричної алгебри
Додаток Б. Рішення задач

Предметний покажчик
Список використовуваних у книзі позначень
Опис:файлу
Файл: 11785_biofizicheskaya-himiya-tom-3.zip
Розмір файлу: 7.94 мб
Посилання для скачування.
Натисніть на кнопку будь-якої соціальної мережі в якій ви активні. Через кілька секунд відкриються посилання для скачування.
{LikeAndRead}
Завантажити фаил з letitbit.net
Завантажити фаил з depositfiles.com
{/LikeAndRead}